ВНИМАНИЕ!! Нашел решение. Вся проблема в том, что я пытался поставить трейнер для сюжетного режима (ничего не работает т.к не пропатчили).
Дело оказалось в том, что в архвие NativeTrainer'а есть файл args.txt, в котором прописана команда -nobattleye из-за чего сам BattlEye и не запускался.